便秘的原因很多，绝大多数可能是功能性便秘。
1、很多人如果发生了便秘，首先会想是不是肠道长什么东西了，事实确实如此，肠道如果有东西堵着，比如有干硬的粪便或者肠腔里面长了肿物，肿物可能是比较巨大的良性肿瘤，也有可能是恶性肿瘤,这在临床中最常见到；
2、还有些可能是术后造成的肠子粘连，肠道粘连并堆积在一起，粪便通过时就会受到阻碍，所以会出现便秘，这是需要除外的器质性便秘；
3、很多全身性的疾病其实也可导致便秘，比如代谢方面疾病，如糖尿病，很多糖尿病的患者都会出现胃肠道功能的紊乱，既可使肠的蠕动过快，也可使肠蠕动过慢，肠蠕动过慢就可出现便秘。还有一些慢性病，比如肾病终末期，尿毒症，或者吃的一些药物，尤其是现在常用的补钙、补铁药物，及铝制剂等等，都可造成便秘。一些神经损伤的病人，比如发生脑梗或者脊髓损伤时，排便反射不能够很好地完成，也易出现便秘；
4、除此以外，还有很多功能性的便秘。也就是本身并没有什么病，但是仍然出现了便秘，这种在临床上叫做功能性便秘，或者习惯性便秘，完全是由于脑肠反射不敏感造成，这种脑肠反射不敏感，跟我们饮食和生活习惯有关，比如吃的过于精细，又不运动，肠动力就不好，就容易出现便秘。还有病人可能是盆底肌肉比较松弛，比如产后病人或者老年妇女，盆底肌肉紧张度不够，也会出现便秘。
所以临床最主要的事情，是先要排除器质性便秘，如果没有器质性便秘，通常可以通过生活、饮食的调节，或者使用药物辅助减缓或者消除便秘。