四环素是抗感染用药，在发生抗感染作用的同时也会有一定的副作用，副作用的发生与抗感染作用相关。常见的有消化系统反应，如恶心、呕吐、上腹部不适、腹痛、腹泻等症状，也可能会发生血液系统的不良反应，如血细胞、白细胞的下降等，还会有肾功能损害的发生。
如果长期使用四环素，还会出现二重感染，会使肠道菌群紊乱，导致B族维生素吸收障碍、B族维生素缺乏等。四环素的副作用与用药时间、用药剂量相关，用药剂量越大，使用时间越长，副作用发生的可能性就越大，可能症状也比较重。
有些患者尤其是小孩使用四环素容易造成骨沉积，会有比较明显 的牙齿变黄等，也算是用药的危害。所以在使用四环素类药物时，首先应该在医生的指导下明确是否适合应用，如果根据症状、感染情况决定应用，才可以适量地、一定时间应用。另外也要注意，小孩尽量避免使用四环素。