复杂性肛瘘比较严重。由于其瘘管开口、走向、位置均无法确定,因此为肛瘘或肛周疾病中治疗相对棘手的疾病。复杂性肛瘘手术中如果瘘管治疗不彻底,或尚未将所有瘘管均治愈,则极有可能复发。因此,该病严重性在于治疗的不确定性。即使手术时遗漏小支管,也可能造成术后复发,对患者影响较大,可能导致患者的2-3次手术,甚至多次手术。