一般而言，先天性巨结肠术后危险期一般是两周左右。先天性巨结肠是一种儿童比较常见的消化道畸形，主要症状表现为便秘，绝大多数患儿均需手术治疗。手术方式有很多种，但是目前来讲没有一种手术方式是十全十美的。先天性巨结肠手术以后，并发症较平常的手术多。手术后患儿需要度过几个难关，具体包括：
1、先天性巨结肠手术一般在患儿年龄较小时进行，此时患儿的抵抗力比较低，手术麻醉对患儿是一个打击，患儿需要从手术麻醉的打击当中恢复过来；
2、先天性巨结肠手术需要切除病变的肠管，将剩余肠管与肛门吻合，吻合口的生长、愈合需要一定时间，一般情况下术后两周左右能够愈合的比较好，可以开始扩肛。
总的来讲，术后危险期一般是两周左右。