临床上诊断先天性巨结肠的主要方法有X线影像检查、肛门直肠测压和病理检查。X线影像检查主要包括X线腹部立位平片和X线钡剂灌肠，诊断的总准确率约为80%。
肛门直肠测压也是常用的一种诊断方式，主要表现为直肠受压充盈时，内括约肌无法松弛。
病理检查是先天性巨结肠诊断的金标准，可以取直肠黏膜进行活检，也可以取直肠、结肠的全层进行活检。如果临床怀疑先天性巨结肠，可以首先采用X线影像检查或肛门直肠测压进行初步诊断。
如果要得到确切的诊断，需要进行病理检查。具体的诊断方法，需要根据医院的医疗条件、医疗设备和医生的经验进行最佳选择。