对于多囊卵巢综合征患者，卵巢打孔手术虽为一种治疗选择，但通常并非首选。患者常伴随肥胖，因此，减轻体重、控制体重成为首要的治疗措施，同时辅以药物治疗。这些药物治疗主要包括降低雄激素血症的药物以及调节月经、促进排卵的药物。
一般而言，通过减轻体重和药物治疗，大多数患者能够达到月经规律、正常排卵和成功妊娠的治疗效果。在某些情况下，如患者需进行其他手术时，卵巢打孔手术可以作为一个附加的手术步骤进行。
例如，当患者在接受腹腔镜子宫肌瘤剔除手术时，若发现其卵巢存在多囊样改变，可以选择进行卵巢打孔手术，通过打孔3-4个来帮助卵巢恢复排卵功能。
卵巢打孔手术也存在潜在的副作用，如可能导致卵巢粘连，从而对卵巢功能产生一定影响。因此，除非是在进行其他手术时能够同时实施，否则卵巢打孔手术一般不作为首选治疗方式。