黄连是常用的中药，在中药的药性理论中有一种属性称为毒性，有部分中药标明具有毒性，比如朱砂、牵牛子、附子，这些毒性中药具有较明显的副作用，使用时要谨慎。大部分类中药没有标注毒性，这些没有标注毒性的中药实际在应用上比较安全，它的副作用较小。
黄连是没有标注毒性的安全性相对较高的中药。对于黄连副作用，往往从四气和五味角度来看，黄连是苦寒中药，寒性中药长期服用时或者短期大量服用时会对脾胃功能造成损伤，会败损脾阳，可能出现腹痛、恶心、干呕、腹泻等副作用，这是黄连最常见的副作用。
同时，中医理论认为苦能燥、能泻，苦味中药长期使用时会造成阴虚、干燥症状，而这些也是黄连的副作用。