肛门闭锁确诊后应立即手术治疗，低位肛门闭锁可以进行一期手术成形，而中位、高位肛门闭锁可先行肠造瘘术，先解决排便问题，让患者能够活下来，等到三个月，孩子大一点，能够耐受手术时，再进行根治性手术，肛门闭锁手术方式主要是三种：
1、会阴肛门成形术，一般适合于低位肛门闭锁，出生后就可以做；
2、后矢状入路肛门直肠成形术，又称Pena术；
3、腹腔镜辅助下的骶会阴直肠肛门成形术。
后两种术式适合于中位、高位肛门闭锁，肛门闭锁手术需要及时进行。现在要求明确诊断后，肛门闭锁手术应该在生后24-48小时之内进行，越早越好，否则会因为持续腹 胀，导致肠穿孔而引起严重腹腔内感染并发症，导致死亡。肛门闭锁手术应该及时进行，家属应该积极配合大夫，不要过分犹豫。