肾萎缩没有特效治疗方法，已萎缩的肾脏不可能恢复正常。如果发现肾萎缩，需要寻找引起肾萎缩的病因，临床上常见的是慢性肾脏疾病发展到终末期出现肾萎缩，因此肾萎缩可出现肾功能不全的表现，表现为消化道不适、贫血、电解质紊乱、酸碱平衡代谢紊乱，也可以出现心衰。
对于慢性肾脏病引起的肾萎缩，主要治疗是针对慢性肾功能不全的治疗，在肾动脉疾病中，比如缺血性肾病，可以出现一侧肾脏萎缩，主要是由于肾动脉粥样硬化引起，同时合并其他各个大血管的动脉粥样硬化，有的患者可出现高血压，所以肾萎缩应积极控制血压保护肾功 能，避免肾功能进一步恶化。