水囊瘤引起的畸形一般是在水囊瘤本身退化或进展以后影响局部的外观或功能。水囊瘤即为淋巴管瘤，局部淋巴液回流不畅，在局部聚集以后，形成扩张。所以水囊瘤引起的畸形情况，需要看孩子长的部位，包括颈部、颜面部以及四肢关节处，均可能会影响孩子本身的活动和功能状态。
水囊瘤在孩子的颈部可能会影响孩子的外观，即局部肿胀、边界不清，在经过治疗以后，局部挛缩或切除以后，局部可能会造成瘢痕，瘢痕挛缩可能会影响孩子头部活动受限。
水囊瘤在面部，可能会影响孩子的外观。若在四肢关节处，水囊瘤退缩后或经过治疗痊愈后，可能局部有瘢痕增生会影响孩子的外观或肢体活动功能。
若在仅在体表，比如腹壁或胸壁，水囊瘤切除完后，一般仅在体表留下瘢痕，但本身可能不会影响孩子的功能或外观，也不会造成其它畸形。所以水囊瘤的长的部位非常重要，部位不一样，可能引起相应畸形或功能障碍可能不一样。