幽门螺杆菌根除治疗时必然会用到一些药物，药物是否有副作用可以辨证地去看待。因为药物的副作用有些可以耐受，有些不能耐受。不提倡高龄患者进行根除治疗，也是因为担心药物的副作用或者很多药物的叠加给患者造成不必要的麻烦。但是，如果患者在用药之前检测过肝肾功能、血常规，白细胞也在可控范围之内，如果有适应症也可以进行幽门螺杆菌的根除治疗。一般情况下，两周药物的副作用患者基本可以耐受。
但是，在用药的过程中要注意观察，比如阿莫西林是青霉素类的制剂，用药时间较长时部分患者会出现慢性过敏反应，比如皮疹。如果出现这种情况，要及时到医院就诊。另外，如果使用呋喃唑酮，也就是痢特灵，可能会出现手麻等周围神经损害的症状，如果出现这种情况也需要及时到医院就诊。当然，还有些抗生素会出现恶心、呕吐、腹痛等副作用，如果是可以耐受的情况下， 建议患者坚持用完，如果不能耐受则需要换用其他抗生素。另外，PPI的药物，也就是质子泵抑制剂，是根除幽门螺杆菌必须要用到的一个药物，长期应用会有一些副作用的发生，但短期应用不会。