脑器质性精神障碍是指由于脑部疾病引起的精神障碍，能否完全恢复主要取决于引起患者精神障碍的原发疾病以及脑部损害的程度。代谢性脑病、自身免疫性脑炎、多发性硬化、病毒性脑炎等疾病引起的脑器质性损害部分可逆，经过对原发病的积极治疗，精神障碍可能缓解，从而恢复正常。
如为脑慢性疾病导致患者出现器质性精神障碍，如脑梗死、脑出血、脑外伤等疾病引起的器质性损害，大部分不能完全恢复。患者出现的精神障碍症状可能长期存在，需要服用抗精神病药物控制。神经系统变性疾病如阿尔茨海默病及脑部肿瘤导致的问题一般不可逆，预后较差。