HPV66型是高危型之一，但存在癌的几率较小，所以单纯的HPV66型阳性无需特殊的治疗。如果出现HPV66阳性同时伴有TCT异常，如TCT可以观察到不典型鳞状细胞，存在低度上皮内病变或高度上皮内病变时就需要治疗。所以单纯的HPV66阳性要结合其他的检查结果，来进行下一步检查和治疗。
若存在其他异常，应进行阴道镜检查，观察阴道或宫颈的上皮是否出现癌前病变的表现，若存在癌前病变表现，还要进行活检来确诊。单纯的HPV66阳性只提示存在问题，需采取进一步检查。若其他指标均正常，HPV66阳性可能无需治疗，想要清除HPV66需要提高免疫力，而非依靠药物。