多脏器功能衰竭患者的预后与衰竭脏器有关。两个以上脏器功能衰竭的患者死亡率＞30%，三个脏器以上的患者死亡率可达50%-70%，五个脏器以上的患者死亡率＞90%。
患者出现多脏器功能衰竭，应积极采取治疗干预，阻断序贯性脏器功能衰竭的趋势。出现两个脏器功能衰竭的患者，有一定抢救成功率，如能有效遏制病情进展，约1周左右患者病情可缓解，生存期较长。
出现三个脏器功能衰竭的患者，预后较难确定，最终治疗效果由患者病情进展及治疗反应决定。目前多脏器功能衰竭患者可采用体外生命支持系统保证重要脏器功能，挽救患者生命。