颅底脊索瘤要实现临床治愈不现实，通过手术治疗以及手术后必要时配合放射治疗，达到病人长期处于无进展生存期，这是临床上的最高治疗目标。颅底脊索瘤通常是良性肿瘤，侵袭性的恶性生长方式，由此带来的问题是其手术不可能切除弥漫到整个斜坡颅底的肿瘤，只能解除目前主要临床症状。
对于残余的脊索瘤或者早期的脊索瘤，可以辅助以放射治疗，以此延长病人的无症状生存期。当病人进入老年状态之后，肿瘤细胞分裂增殖都会明显下降，最后获得病人无明显症状、不影响正常工作和生活情况下的长期带瘤生存，这是治疗颅底脊索瘤的一种临床目标。