扁桃体结石的鉴别通常以观察自身症状为主，患者可根据咽部是否存在异物感、是否存在口臭，以及咳嗽时是否咳出黄色或白色且带有臭味的颗粒物进行判断。患者张嘴时可以观察到一侧扁桃体上存在白色颗粒物，如果使用压舌板按压，可通过棉签将扁桃体表面的白色物挤出，类似结石样且带有臭味，若出现此类症状则通常表明患有扁桃体结石。
通常扁桃体隐窝口处发炎会导致隐窝口变狭窄，使日常进食后的食物残渣、细菌尸体以及口腔分泌物、脱落的上皮组织等共同形成结石。当明确病症后患者需采取消炎治疗，可先进行结石清理，再进行漱口、含片等治疗，当炎症消退后结石也会消失。