通常直径＞2cm的胃间质瘤是手术指征，对于较小间质瘤，如＜2cm，通常可以观察。但对于小间质瘤，如＜2cm的间质瘤，在具有一些高危因素情况下，比如在超声下发现存在一些恶性风险，包括边界不规则、有囊性变或有密度不均等情况，也需进行手术治疗。
胃间质瘤与胃癌不同，胃癌在胃黏膜生长，胃间质瘤在胃黏膜与胃外的胃壁之间生长，由胃内部胃壁之间一种间质细胞病变而来，恶性度会随着肿瘤增大而增加，所以直径＞2cm的肿瘤风险相对大些，建议进行手术切除。当然手术治疗除开腹方式外，也可应用腹腔镜，但对于胃后壁小弯侧及食管胃结合部肿瘤，还是需进行开腹手术 。