牙根部发黑病因较多见，具体如下：
1、重金属中毒：临床可见部分患者体内摄入过多重金属，从而造成重金属中毒，可表现为牙齿牙根部、牙龈上发黑。此类患者应进行检查，如抽血检查等，且嘱患者尽量减少重金属摄入，如果工作与接触重金属有关系，建议尽量做好防护，则有可能缓解牙根部、牙龈发黑问题；
2、龋坏：部分患者牙本质、牙骨质、牙根部发黑，可由于牙齿龋坏即腐烂，建议患者尽早至专业口腔医院或正规医院口腔科，找牙体牙髓病科医生进行仔细检查，进行探诊、冷诊，甚至牙片检查而明确病因。若为龋病，应进行去龋、冲洗、消毒、隔湿、吹干，再用牙科材料进行修复等。