脑干脊索瘤主要依赖手术治疗,该病对放疗不敏感。此外,还可利用质子刀、伽马刀、射波刀、放疗等辅助治疗,即经手术切除大部肿瘤后,边缘处或死角处残留的体积较小的肿瘤,可利用其它方式进行治疗。手术为脊索瘤治疗的根本,但较难做到组织学意义上真正的全切除,因此,常建议进行一些放疗等辅助治疗。脑干脊索瘤手术要求较高,难度较大。