结肠镜是肠镜的一种检查方式，结肠镜主要用于检查整个结肠、直肠、肛管的情况，当然也可以看到盲肠末端，大约10-20cm的距离，而肠镜包含小肠镜、胶囊内镜等。因此结肠镜只是肠镜的主要的分支。
从狭义上，肠镜指结肠镜，从广义上，肠镜还包含小肠镜和胶囊内镜。胶囊内镜是一种和药丸一样的镜头，在病人吞下之后会随着肠子的蠕动逐渐向肛门方向移动，胶囊内镜随着蠕动就将会经过的每个地方看到的影像录制下来，最后医师可以根据影像判断是否发生疾病，以及疾病的部位。但是胶囊内镜存在缺点，由于是被动进行运动，随着肠蠕动而蠕动，因此无法全方位360°观 察肠管，有的地方会遗漏而出现漏诊的情况，并且也不能够进行活检，只能进行观察。