中耳炎的患者用碘伏棉球擦拭，通常没有作用。碘伏棉球主要用于表皮浅表损伤的消毒，而中耳炎症多数是由于中耳腔深在的发炎、感染所致。中耳腔与耳朵、鼻子相通的部位称为咽鼓管，多数中耳炎是咽鼓管功能异常造成，所以主要需对咽鼓管功能异常进行治疗。另外，中耳炎是在骨缝内存在比较深在的感染灶，更多需要通畅引流。
碘伏是黄色、褐色、较黏稠的油性消毒剂，当消毒剂进入中耳腔，虽不会有特别明显刺激性的症状，但存在黄染问题，若耳道皮肤被染成黄色，且油膏状黏性物质很难排出，在耳道内持续 存在，一方面会染黄耳内结构，导致医生进行检查时，难以判断耳道情况。另一方面，碘伏混杂其他分泌物后，形成栓剂，阻塞穿孔、阻塞中耳炎正常流出道，造成阻塞性炎症，甚至其更深部位扩散。若中耳有炎症，应考虑鼻腔用药、口服药物，或在耳朵内滴抗生素类滴耳液进行治疗。