尿液中如果出现小圆上皮细胞，可能为肾小管上皮细胞，也可能为底层移行上皮细胞，因为在光镜下难以区别，所以统一报告为小圆上皮细胞。
肾小管上皮细胞来源于肾小管，如果在尿液中出现，提示着肾小管病变的可能。而某些炎症的时候，肾小管上皮细胞会出现脂肪变性，胞质中会出现脂肪颗粒，称为肾小管上皮脂肪颗粒细胞。
在肾移植术后，观察肾小管上皮细胞，来明确是否存在排异反应。底层移行上皮细胞属于移行上皮细胞的一种，其它类型还见于表层移行上皮细胞，主要来源于膀胱，中层移行上皮细胞主要来源于肾盂，而底层移行上皮细胞 主要来源于输尿管、膀胱和尿道。
如果在输尿管、膀胱和尿道发生感染、炎症改变，尿液中就会出现底层移行上皮细胞。如果尿液中大量出现的时候，就需要警惕有没有移行细胞癌的可能，需要结合其它辅助手段进行鉴别。