磷酸铵镁结石一般感染性结石，而且是偏碱性的结石。针对这种结石的治疗，目前比较常用的药物就是氯化铵。
主要是因为磷酸铵镁结石是偏碱性的结石，氯化铵又是偏酸性的药物，偏酸性与偏碱性的结合以后，就发生化学反应，能够溶解、中和磷酸铵镁的浓度，可能能够使结石形成减少。对于已经形成的结石，有利于起到一定溶解、破坏、分解的作用。
所以磷酸铵镁比较特效、比较常用的药物就是氯化铵，主要是根据磷酸铵镁及氯化铵的化学特性，以及在身体内具体的代谢情况来选择。而且在实际临床操作过程中来看，氯化铵治疗磷酸铵镁结石，效果也比较令人满意。