在常见的肛瘘治疗方法中，是把内口、瘘管和外口全部敞开，使其自行愈合，由于切除较多的组织，伤口愈合起来必须靠肉芽组织填充。如果是肉芽组织长得过快，高出创面，称为做肉芽组织过度增生，这时要及时把增生的肉芽组织清除，否则会影响术后恢复，影响创面生长愈合。
遇到此种情况，应该及时和医生沟通进行处理，可以先用高渗盐水敷于患处，能起到减轻水肿、减轻增生的作用。如果还不见效，可以用镊子或者肛周专用的刮齿，对新生的肉芽进行刮除。
如果还不见效，可以由医生用剪刀将过度增生的肉芽组织剪除，这样才能保证术后创面顺利生长、 愈合。肉芽组织不是越多越好，必须将肉芽组织保持在适当的范围内，使其更好地促进创面愈合。