耐多药肺结核的确诊方法主要是实验室诊断手段，可以查痰，即直接做痰培养，痰培养包括固体培养和液体培养，之间存在差别，但重要的是培养结核杆菌，再加以相关药物检测是否出现耐药结核病。
现在诊断手段较多，除培养方法外，还有分子生物学的方法，即基因检测手段也可以明确是否有耐药结核病存在。所以耐药结核病的诊断主要是取分泌物或者组织进行下一步检测，才是诊断耐药结核病最直接的手段，并不是出现治疗效果不佳，出现严重症状，就直接认为其是耐多药结核病，而是需要有直接的依据，即培养结核杆菌，而且结核杆菌对于结核药物耐药，才 能诊断为耐药结核病。