流脑疫苗自费与免费之间的区别在于接种疫苗的范围会有所差异，不论是哪种流脑疫苗都是针对脑膜炎球菌进行控制。脑膜炎球菌分为6类，即A群、B群、C群、W群、X型和Y群。
如果是自费疫苗中，一般可以打A群流脑疫苗，只是针对A群脑膜炎球菌进行预防。还可以接种A+C群，对A群和C群脑膜炎球菌有预防作用。如果是自费疫苗，是4种脑膜炎球菌都可以有预防作用，即A群、C群、W群和Y群。
因为不同地区，可能脑膜炎流行的种类不一样，相对来说A群脑膜炎球菌相对比较容易出现流行情况，所以一般要先接种A群流脑疫苗，当然C群也可能会流行。
所以有时会接种A+C群流脑疫苗，也有的 地区可能会存在W和Y群的流脑疫苗，可以接种自费的疫苗，就像A+C+W+Y的流脑疫苗。对于多数情况A+C群即可。当然如果有条件的情况下，可以接种自费疫苗，对于孩子的防护种类可以有明显的扩展，可以减少孩子感染脑膜炎球菌的机会。