脑部微创手术依据不同情况存在不同后遗症，随技术进步，微创手术后遗症减少。早期裸眼手术创伤大、时间长、患者痛苦大、后遗症多，随后出现的显微镜下手术有所进步，但患者痛苦仍较大。最近出现的微创技术存在新进步，例如垂体瘤、颅咽管瘤，通过神经内镜下微创治疗，患者经鼻蝶入，手术创伤小、痛苦小、手术时间短、全麻时间短、手术中出血少、患者后遗症可明显减少。而且手术时间缩短后患者花费少，达到微创目的，患者效果反应较好。
一般不同部位可能存在不同后遗症，例如额叶可能出现精神症状，顶叶可能出现肢体麻木、肢体障碍，枕叶可能出现视觉障碍 。总之，微创技术进步使术后后遗症及并发症普遍减少，受到广大患者欢迎。