混合性结缔组织病治疗相对较困难，一般治疗分两个方面，一般对症治疗和从病因而言控制病情发展的慢作用药的治疗。具体如下：
1、对症治疗：如果出现皮疹可以选用外用涂抹药物或采用抗疟药，例如风湿免疫科常用硫酸羟氯喹，可以改变这种皮肤病变。关节肿胀疼痛可以选用非甾体类抗炎药，例如依托考昔或美洛昔康；
2、控制病情的治疗：如果病变侵犯内脏，引起肺间质纤维化或引起肾脏病变，需要应用免疫抑制剂治疗。混合性结缔组织病临床使用中医中药治疗有时可以达到较好效果，因为中医中药不仅有中药口服汤剂治疗，大部分患者如果配合中药熏洗、中药热敷 、溻渍等，一般会取得较好效果。