在临床的使用中，五子衍宗丸和金匮肾气丸这两种药物可以同时服用。因为二者都属于中成药，并且具有温补肾阳的功效，可以协同治疗肾阳虚所引起的一系列症状。
五子衍宗丸和金匮肾气丸都具有补肾的功效，但是作用点略有不同。金匮肾气丸主要是温补肾阳，以化气行水为主要治疗机制。五子衍宗丸也有补肾的作用，但是更侧重于补肾益精，治疗肾虚引起的阳痿不育、遗精早泄、腰疼、尿后余痢等病证。
在服用的过程中，应该避免食用一些刺激性、辛辣、油腻、生冷等食物。饮食方面应该以清淡为主，多吃新鲜的蔬菜和水果、蛋白质等有营养的食物，以免影响药物疗效。同时应该控制性生活的频率，一般建议每周两次就可以，以免过于频繁而影响治疗效果。