肛瘘指肛门直肠瘘的简称，通常位于肛门周围的肉芽肿型窦道，一般会有外口和内口，还有一个管道。一般外口位于肛门周围的皮肤，内口位于齿线，内口和外口之间会有管道连通。内口感染会通过管道，向外口渗出分泌物等。根据瘘口多少以及管道位于肛门外括约肌深部的位置，临床可以分成高位、低位、复杂、简单等几种类型。
一般高位即在括约肌深部，在此之上的窦道叫高位肛瘘，下方窦道叫做低位肛瘘。如果有一个外口，叫单纯性肛瘘，如果有两个外口甚至两个以上，叫复杂性肛瘘。
所以临床上常分为低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘，高位单纯性肛瘘和高位复杂性肛瘘 。这种分类有利于临床对疾病判断以及选择手术方式，以及对预后会做出大致判断。