早上起来腰痛活动一会就能好的原因主要是风湿免疫性疾病、椎间盘突出症，具体如下：
1、风湿免疫性疾病：如果经常出现早上起来腰痛，甚至有些年轻人晚上腰疼至痛醒，起来活动腰痛又恢复，出现这种症状多数是患有风湿免疫类疾病，如强直性脊柱炎等，通常需要到医院做进一步检查，特别是去风湿免疫科做血液检查，如HLA-B27(人体白细胞抗原)、C反应蛋白、血沉、类风湿因子等，通过这些化验的检查进一步诊断；
2、椎间盘突出症：少数人患腰椎间盘突出也会导致腰痛，但疼痛通常躺下后会有明显改善，到下午或傍晚经过劳动后才会引起疼痛，与早上起来的腰痛不同。