肛瘘术后复发不分任何时间和年龄，有可能在几个月或几年后复发，肛瘘属于感染性疾病，治愈后如果没有恶性刺激存在一般不容易复发。肛瘘是临床一种难以治愈的肛周感染疾病，在治疗过程中医生会针对一个或多个内口以及瘘管高低，采取相应治疗手段。多数情况都进行挂线治疗，将瘘管彻底切开、切除，使新生肉芽组织向外填充，创面愈合才能使肛瘘顽固性疾病得到治愈。因此在肛瘘手术以后应严格遵照医嘱，保证饮食和生活习惯的健康状态，对预防肛瘘复发较为重要。术后重新复发的原因如下：
1、新肛瘘发生：因为患者再次出现肛周脓肿症状，从而导致新肛瘘发生，给人们一种肛瘘复发的错觉；
2、内口较复杂、位置较高：内口有两个或两个以上，寻找内口不能彻底或不完全，引流不通畅时可导致复发；
3、瘘道支管腔隙清除不彻底：手术过程中没有彻底清除坏死组织或支管导致复发；
4、肛门内口处理不当或无明显内口：可引起肛瘘复发。
因此，术中正确寻找原发内口、清除肛门腺体、引流通畅较为重要。