雌激素低最常见的原因是卵巢功能早衰或者早退，也可能是垂体自身的疾病导致。具体如下：
1、卵巢功能早衰或者早退：部分年轻的女性在45岁之前，如果出现雌激素水平明显低，就要看血中的FSH(促卵泡激素)水平和LH(促黄体生成素)水平，两者来自于垂体激素，会刺激卵巢分泌睾酮，睾酮进一步再转化为雌激素。如果血中的雌激素水平下降，FSH或LH水平升高，要高度怀疑是否有卵巢早衰。但是体内影响雌激素的因素较多，下这个诊断前要多查几次；
2、垂体自身的疾病：包括垂体前叶功能减退，FSH和LH水平下降以后，对卵巢的刺激功能也会下降，也会造成血中的雌激素低。常见于席汉综合征或者垂体做过手术、垂体炎等，都会引起垂体前叶的功能减退，以后也会影响卵巢的功能。
所以，雌激素低要区分是卵巢性的原因，还是垂体性的原 因，是卵巢早衰，还是垂体有疾病，要明确具体的病因，再做下一步的诊断和治疗。