肾结石如果已经引起肾积水，需要明确结石位置、大小及积水严重程度。如果梗阻不解除，积水会进一步加重会引起肾皮质变薄，严重者会引起肾功能丧失。不同位置结石，采取的方式不一样。如果肾脏结石位于肾盂出口处，可以通过经皮肾镜，从肾脏内建立通道把结石击碎后取出体外。如果石头不大可以通过尿道，人体的自然通道，逆行径直上到输尿管，然后到肾脏以后用钬激光或其它碎石工具，将结石击碎后取出，或将结石粉末化，后续自行通过输尿管排出体外。
如果引起梗阻积水的问题，不是因为结石梗阻，而是因为本身输尿管狭窄或先天性或者后天继发形成狭窄，则不单纯需要处理 结石，而要先将梗阻的问题解除。如果是先天性的肾盂输尿管狭窄，需要把肾盂输尿管连接部切除以后，重新进行整形缝合，解除梗阻后，后续不会继续继发再形成结石。