所谓脑炎后遗症治疗即对症支持治疗，如认知功能障碍，可服用维生素E、中药复方苁蓉益智胶囊，严重病人可以服用安理申。比如癫痫是常见后遗症，因脑袋受损、异常放电引起癫痫，癫痫服用药物有多种，根据病人情况可以服用卡马西平、丙戊酸钠、苯妥英钠。
如脑干脑炎病人可能会遗留吞咽困难、进食困难，可留置鼻胃管、鼻胃肠管进行肠外营养。重症脑炎遗留有肢体功能残疾，这时需要康复训练，如上肢力量、下肢力量，起立、蹲下、走路，找康复师进行专业培训，所以整体来讲脑炎后遗症的治疗属于综合治疗，不是某一个点治疗，出现症状都可以进行对症支持治疗。