吞咽时颈部左侧痛的原因如下：
1、反流性咽喉炎：与胃酸反流刺激，导致的反流性咽喉炎有关，反酸经常并没有自我感觉，较多患者容易忽视，需注意饮食，避免摄入酸性、过热、过辣等刺激性食物，避免摄入过于甜腻或不易消化的食物，避免饮茶、咖啡、碳酸饮料，睡前3个小时避免进食水，防止夜间胃酸反流加重，另外需要服用抑制胃酸的药物，如质子泵抑制剂。
2、茎突综合征：茎突上附着的韧带，随着年龄增大部分钙化，形成对于咽侧壁的刺激，从而导致咽侧壁疼痛。通常需要拍茎突侧位片以进一步明确，亦可寻求医生用手触摸扁桃体窝，如果可触及触痛点，则可以诊断明确，需进行茎突截短术治疗。