根尖囊肿和根尖脓肿有明显区别，常见区别如下：
1、疼痛感：根尖囊肿患者的疼痛不较为明显，根尖脓肿患者疼痛较为明显;
2、松动度：根尖囊肿患者牙齿的松动度不是很大，根尖脓肿患者由于根尖的炎症和脓肿，导致整个牙齿抬高，出现明显松动；
3、病变速度：根尖囊肿患者牙齿出现龋坏以及牙髓炎，逐渐变成根尖周炎，是比较缓慢的过程。根尖脓肿患者有可能是由于这些原因，还有可能是由于牙周问题，比如牙齿牙龈炎、 牙周炎造成的急性炎症。
根尖囊肿和根尖脓肿首选的治疗方案都是进行根管治疗，需要将牙齿开髓引流、根管疏通、根尖消毒、冲洗以及吹干，进行根管充填，将根尖炎症进行彻底清理，从而使根尖囊肿和根尖脓肿痊愈。