患者出现前列腺炎后进行肛门灌药可能效果不佳，前列腺主要位于直肠前壁，部分医院采用灌肠方法治疗前列腺炎，但多数药物可通过肠道吸收，但较难通过肠道直接渗透进前列腺内。
前列腺炎存在不同分型，目前临床所诊断前列腺炎多数属于Ⅲ型前列腺炎，也称慢性盆腔疼痛综合征，并非属于前列腺本身发炎而出现临床症状，可能与盆底括约肌肌肉过于紧张有关。此时并非治疗前列腺，而是需要根据症状选择方法，灌肠针对前列腺治疗作用较小，可能会引起盆底肌肉松弛但无法使药物直接进入前列腺内，需要对症治疗如改善疼痛症状以及排尿症状等，进一步缓解病情。