MRI和CT，两者应用原理不同，CT是利用X线对人体某部一定厚度层面进行扫描，由探测器接受透过该层面X线转变，可验光后由光电转换成电信号，再经模拟数字转换器转为数字，输入计算机处理成像。CT是断层成像，磁共振是一种生物磁自旋成像技术，利用原子核自旋运动特点，在外加磁场内，经射频脉冲激励后产生信号，用探测器检测并输入计算机，经过处理转换成屏幕图像，可以直接做出横断面、冠状面、矢状面和各种斜面体层图像，并不像CT是断层成像，如果要三维图像，要计算机后处理才能重建。
磁共振优点是无辐射电离，无电离辐射、无损伤、组织分辨率高，无骨伪影，临床应用范围非 常广，最擅长中枢神经系统、脑、脊髓相关疾病诊断，上述部位疾病诊断比CT好得多，胸部、肺部疾病则首先CT，腹部疾病，像肝、胆、胰、脾、肾、下腹部、盆腔疾病、骨关节系统疾病，磁共振更有优势，分辨率更高，也是首选检查。