经颅磁刺激的原理是应用磁场作用于大脑，产生生物电。生物电可以是抑制性，也可以是兴奋性。所以根据原理，能治疗的疾病种类比较多，不限制某一种。凡是产生兴奋性的疾病，都可以用抑制性刺激来治疗。
凡是脑抑制的疾病，都用兴奋性的方法刺激，可以取得很好的疗效。举个例子，如帕金森病的主要表现是运动功能受到影响。患者有震颤，走路时启动困难、慌张步态，这时可以用经颅磁刺激作用于大脑运动皮层。
通常国内会选择抑制性刺激，当然国外有些中心会用兴奋性刺激，总之改善了运动皮层的功能状态，从而改善患者的步态困难。还有其他如常见的幻听，耳鸣，用经颅磁刺激也可以取得很好的疗效，用抑制性刺激来减少耳鸣、幻听。