肝囊肿的手术是进行肝囊肿开窗引流，手术的目的是去除肝囊肿部分的囊壁，将囊肿内的液体吸净。
而去除的部分囊壁，作为肝囊肿的开窗，此后肝囊肿内再产生的液体可以通过，去除的部分囊壁的缺口，进入到腹腔被人体吸收，使囊肿就不会再进一步的增大，有可能会逐渐的缩小，但是完全恢复正常的肝脏形态则较为困难。
肝囊肿开窗手术，主要用于较大的肝囊肿，当出现压迫症状时，当囊肿突出于肝脏的表面，挤压周围的脏器，部分患者可能会出现合并感染。
以往肝囊肿手术要进行开腹，现阶段多数肝囊肿，可以通过腹腔镜属于微创手术中完成。对于多数肝囊肿患者，如果病灶较小、生长缓慢，而且没有明显的临床症状，没有必要进行手术。