十二指肠乳头远处的肠管梗阻均可以引起胆汁性呕吐，尤其是高位空肠梗阻，胆汁性呕吐更加明显。常见的先天性十二指肠梗阻包括肠旋转不良、十二指肠闭锁、环状胰腺等，为常见的新生儿急诊。十二指肠闭锁和环状胰腺，由于十二指肠梗阻较严重，患儿出生第一次喂奶以后或者出生之后1-2天，就会出现胆汁性呕吐、肠旋转不良。根据十二指肠梗阻轻重不同，出现胆汁性呕吐的时间可以有早有晚，可以合并严重肠扭转、肠坏死，危及生命。
频繁发生胆汁性呕吐的患儿，应及时到医院就诊，排除外科疾病，必要时需要外科手术干预 。多数胆汁性呕吐不需要外科手术治疗，内科保守治疗就可以治愈。比如急性胃肠炎、胆汁反流性胃炎等，由于肠道功能异常、肠管逆蠕动，肠道内肠液通过幽门逆入到胃，出现胆汁性呕吐。