肛周脓肿需与肛周疾病相鉴别。肛周疾病种类较多，如肛裂、肛瘘、痔疮、直肠癌、肛旁脓肿等。具体鉴别方法如下：
1、直肠癌：早期很少发生剧烈疼痛，多以直肠肿块的形式被发现；
2、肛裂：主要为肛管皮肤或黏膜裂开，可出现剧烈疼痛，但少见明显红肿。可通过手指摸到裂口，为反复发作的过程，治疗困难；
3、肛瘘：多为肛旁脓肿所致，肛旁脓肿缓解过程中可继发产生肛瘘，需通过第二次手术治疗肛瘘。肛瘘可观测到肛旁周围皮肤上有小口，粪便或黄色液体从洞眼中排出。当外口堵住时，可产生类似于肛旁脓肿的症状，红肿痛热；
4、痔疮：表现为肛门表面凸出的混合痣或内痔。