骨髓移植是治疗很多恶性肿瘤的唯一选择，在急性髓性白血病和大多数的急性淋巴细胞白血病，若不做骨髓移植，尤其是急性髓性白血病，治愈率可能不到30%，所以对70%左右的病人而言，骨髓移植是治好疾病的唯一方法。骨髓移植的好处显而易见，同时骨髓移植是大型治疗，其危害也显而易见。骨髓移植的危害具体如下：
1、植入失败：种进去的干细胞长不活，类似农民种庄稼，庄稼的种子撒在地里后不能生根发芽，此类情况称为植入失败。植入失败对病人而言，显然是致命性的危害；
2、使用化疗药物：超剂量的化疗、致死量的化疗，对病人心、肝、肾的打击能导致病人在早期移植的过程中出现死亡；
3、排斥反应：异基因可产生相关反应，即别人的造血干细胞种到病人身上后会发生排斥反应，即种进来的干细胞重新建立免疫系统，而新建立的免疫系统能够识别自己和别人，对自己人不攻击，对别人就会认为是敌人进而攻击。因此，免疫系统植入进来后，病人身体的所有器官，都是免疫系统的攻击对象，此类情况称为排斥反应，即移植物抗宿主病；
4、容易感染：在骨髓移植的过程中需要用很多的抑制剂，加上免疫系统的重建需要2年左右的时间。因此，接下来的问题就是感染，感染也是骨髓移植后很重要的致死原因；
5、其他危害：如移植失败，移植失败是指病人的肿瘤重新复发。此外，骨髓移植也还有其他一些很严重的并发症，可能也是致死性。
但目前若是做自体干细胞移植，因移植相关死亡的可能性大概在5%。若是异基因的干细胞移植，移植相关不算肿瘤复发的情况，移植的技术本身导致的死亡的病例占10%-15%。