肝内胆管细胞癌的疾病恶性度很高,预后相对较差,与肿瘤发现的早晚及治疗的情况有关,若没有经过有效的治疗,生存期很难超过3年。若早期发现经过早期治疗,有效的切除病灶,则3年生存率可以达到30-40%。此外预后与疾病的病理特点有关,腔内生长型的预后较好,肿块型次之,管周浸润型的预后最差。