正常人体菌群是在与宿主共同进化中，演变形成的人体共生细菌。人是与共生微生物构造的超级生物体，人体中寄宿着数以百万亿的微生物，其数量远超人体本身的细胞数量。身体是由10^13个细胞构成，并携带10^14个细菌细胞，由此可见，细菌细胞的数量是人体细胞的10倍。人基因组有3万个基因，还携带300万个细菌基因，其基因数量是人体的100倍，所以微生物对人体健康有重要影响。
人体正常菌群种类有1000多种，平均重量在1.5公斤，相当于肝脏重量。主要分布于肠道、皮肤、口腔、呼吸道以及泌尿生殖道，多数定植于肠道。肠道的微生物，主要包括细菌 、古细菌、真菌及病毒等，其中90%以上为细菌。各部位由不同的特异性菌群构成，此类菌群分常居菌群和暂时菌群。
人体内的正常菌群，主要作用如下：
1、菌群间相互制衡：正常菌群间相互制约，可以维持微生态平衡、阻止和干扰，其他新的微生物定居；
2、激发宿主免疫发育：正常菌群的细胞成分或代谢产物，如内毒素，能激发宿主免疫系统发育；
3、抵抗致病菌：正常菌群中的细菌与致病菌，有共同的抗原，能够提高宿主对致病菌免疫力；
4、合成有益物质：正常菌群能在肠道合成部分维生素和抗菌物质，而肠道菌群作为数量庞大和种类繁多的微生物，对人体健康有着重要的意义。人的肠道菌群，影响着人类的基因表达，与疾病有着密切关系，如肠道炎症性疾病、肝脏疾病、心血管系统疾病、代谢疾病、过敏性湿疹、器官衰老、肿瘤以及孤独症、自闭症、抑郁症和阿尔茨海默症等。