肾结石手术后遗症与手术方式有关，具体如下：
1、体外冲击波碎石可在门诊进行，即采用特制的机器发射一定的震波，将能量聚焦于肾结石内，通过震波使结石变为小结石，后遗症为局部血肿。若肾损伤较严重，可导致肾脏萎缩，因此临床上体外冲击波碎石不宜超过三次；
2、逆行输尿管镜又称为输尿管软镜，使用逆行输尿管的镜子通过尿道逆流而上，做完手术后会出现结石残留，因为把大结石切碎成较多小结石，通过尿液冲刷和重力作用自身排出，可能会有残留，也可能发生感染；
3、经皮肾镜是在人体和肾脏结石之间建立人工通道，风险较大。因为 肾脏血供较丰富，易引起出血，在碎石过程中易出现感染，且穿刺过程中可能损伤脾脏、肝脏，甚至直肠等脏器。