正常人的粪便中含有大量细菌，所以粪便标本的检验必须是在混有大量正常菌的菌群中选出病原菌，需要注意大便的正确采集和运送，以提高检查的阳性率。具体采集方法如下：
1、用药前在干燥的清洁便盆内自然排便，避免使用坐式或蹲式马桶，避免因污染影响检验结果；
2、采集带有脓血黏液部分的大便2-3g，约黄豆大小；
3、采集外观无异常的粪便，应从粪便表面不同部位取材；
4、采集液体粪便的絮状物1-2ml，放入无菌的便盒中送检；
5、排便困难或者婴幼儿患者，尤其是检测患有腹泻后溶血性尿毒综合征的婴幼儿，可用直肠试纸法采集标本。采集方法是用无菌试纸 蘸取生理盐水湿润，由肛门插入约2-4cm，轻轻的在直肠内旋动，取出大便少许，标本采集后应尽快送检，如培养志贺氏菌应于30分钟内送检。