尿石症的分类标准很多，可以按部位分类、按理化成分分类、按感染性和非感染性分类。
1、按部位分类：分为上尿路结石和下尿路结石，上尿路结石进一步分为肾结石和输尿管结石，输尿管结石可以继续分为上段结石、中段结石和末端段石。下尿路结石主要包括膀胱结石和尿道结石，尿道结石一般通过前尿道直接通过手术器械钳夹出来。后尿道结石一般会把结石推回膀胱，按照膀胱结石来处理。膀胱结石不光要处理结石，还要考虑处理前列腺、膀胱出口狭窄的问题。结石按部位分类对于泌尿外科医生手术方法选择，有重要的指导价值和意义；
2、按理化成分分类：按物理成分、化学成分分类，可以分为碳酸盐结石、磷酸盐结石、胱氨酸盐结石、尿酸盐结石等。对于治疗方案没有太大意义，但是对于结石后期的防治有意义，每种结石对于生活因素、饮食因素、膳食结构有不同要求；
3、按感染性和非感染性分类：可以分为感染性结石和非感染性结石，虽然现在越来越多的临床医生和医学专家普遍认为大部分结石都是感染性结石，但是在临床上，有部分结石没有感染结石的证据。这种结石的分类方法主要是对于手术治疗后的并发症处理提高警惕，其提示患者在围手术期，要重点关注上尿路感染的并发症问题。