赖氨酸作为治疗药物，如果有疾病治疗需要，可在医生指导下长期服用。临床常使用盐酸赖氨酸，剂型包括赖氨酸片剂、赖氨酸颗粒等口服剂型。盐酸赖氨酸片主要用于赖氨酸缺乏引起的食欲不振、营养不良等。儿童可使用小儿盐酸赖氨酸颗粒，可用作儿童疾病恢复期的营养剂。
如果需要补充赖氨酸，可在医生指导下较长时期服用。但需注意长期用药需有明确适应证，且要定期加强监测。如果长期使用赖氨酸，既可以单独使用，也可以和维生素、无机盐以及其他人体必需氨基酸混合使用。作为氨基酸类药物，还可用于颅脑外伤、慢性脑组织缺血、缺氧性脑病等，可起到保护剂的作用，故赖氨酸临床使用相对较安全。